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Utilisation et applications de la bio-informatique

Mis à jour le

Responsable(s) : M. Jean-Francois ZAGURY, M. Jean-Louis SPADONI

  • Cours
Code Cnam : BNF104-PAR
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  • Durée : 50 heures (+/- 10%)
  • A la carte
  • Soir & samedi
  • 6 crédits
  • Distanciel, Hybride (présentiel et distanciel)

Présentation

Public, conditions d'accès et prérequis

Prérequis

Biologistes ou Informaticiens.
Titulaires d'un BTS de Biochimie, Biotechnologie, Biologie, d'un DUT de Biologie appliquée ou de tout diplôme équivalent bac+2.
Titulaire d'un BTS ou d'une licence d'informatique ou diplôme de niveau équivalent. Dans ce cas, une connaissance préliminaire de la biologie/biochimie est recommandée, par exemple grâce à l'UE Biochimie Fondamentale #BCA001.

Objectifs

Former des bio-informaticiens pour répondre à l'émergence des métiers nouveaux liés aux nouvelles biotechnologies.

L'avis des auditeurs

Les dernières réponses à l'enquête d'appréciation pour cet enseignement : Fiche synthétique au format PDF

Compétences et débouchés

Compétences

Connaissance et utilisation des banques de données et des logiciels existants sur le Web, qui permettent déjà de traiter de manière puissante les données biologiques générées par les nouvelles biotechnologies (bases de données, logiciels de traitement de séquence, outils de prédiction, logiciels statistiques).

Apprentissage des problématiques bio-informatiques liées à l'émergence des nouvelles biotechnologies.

Informations pratiques

Contact

  • Département : Bioinformatique
  • Email : isabelle.corbeau@lecnam.net
  • Adresse : 17.0.16, 292 rue St Martin - 75003 Paris
Logo école santé Cnam
Logo Ecole numérique et IA Cnam

Programme

Contenu

1) Rappels de base de biologie à usage pour la bio-informatique :
Les chaînes du vivant, ADN et Protéines.
La cellule : unité fonctionnelle du vivant.
Éléments de physiopathologie : inflammation, maladies infectieuses et cancers
2) Les grandes banques bio-informatiques :
Banques de données disponibles sur Internet :
séquences, polymorphismes, structure des protéines. Le système Entrez : du gène à la fonction.
3) Exploitation des banques de séquences et applications :
Les logiciels disponibles sur Internet :
criblage de banque, alignement de deux séquences, alignements multiples, phylogénie. Principes algorithmiques et utilisation.
4) Modélisation moléculaire et applications :
Logiciels de référence (RasMol, Cn3D, VMD). Prédiction de structure, méthodes automatiques.
5) Problématiques Bio-informatiques liées aux nouvelles technologies :
Séquençage massif du génome  (Next Generation Sequencing, NGS), puces de génotypage, puces de transcriptome, génomique sur cohorte et maladies, génétique d'association, initiation à l’exploitation des données NGS (Galaxy, JupyterHub) et analyse des données à haut débit.

Modalités d'évaluation

Examen final sur ordinateur ou à distance suivant la modalité suivie

Bibliographie

  • AD Baxevanis et al. . Bioinformatics, Wiley Interscience. New-York
  • Denis Tagu et Jean-Loup Risler . Bio-informatique. Principes d'utilisation des outils. Edition Quae
  • Deléage Gilbert et Gouy Manolo . Bioinformatique - 2e édition: Cours et applications
  • Jeremy Ramsden . Bioinformatics: An Introduction (4ᵉ édition)

Formation mère

Utilisation et applications de la bio-informatique

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