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Algorithmique de la bio-informatique

Code UE : BNF103

  • Cours
  • 6 crédits

Responsable national

Jean-Francois ZAGURY

Responsable opérationnel

Jean-Louis SPADONI

Public et conditions d'accès

Prérequis : Les auditeurs devront de préférence avoir assisté au cours BNF102 ou sinon justifier d'un niveau suffisant en programmation
Biologistes ou Informaticiens.
Titulaires d'un BTS de Biochimie, Biotechnologie, Biologie ou d'un DUT de Biologie appliquée (ou diplômes équivalents bac+2)
Titulaire d'un BTS ou d'une licence d'informatique ou diplôme de niveau équivalent.

Objectifs pédagogiques

Initier aux algorithmes utilisés pour les principaux programmes de bio-informatique.

Compétences visées

Cette formation doit permettre aux auditeurs non initiés de comprendre le fonctionnement des principaux programmes de la bio-informatique et pour pouvoir les utiliser au mieux.

Mots-clés

Contenu

1) Bases algorithmiques
2) Alignements multiples et recherche de motifs
3) Recherche de similarités dans les banques : BLAST et FASTA
4) Assemblage de séquences et présentation de logiciels
5) Automates et expressions régulières
6) Recherche de gènes : méthodes heuristiques

Modalité d'évaluation

Examen final

Bibliographie

  • AD Baxevanis et al. Wiley Interscience New York (USA) : Bioinformatics
  • L. Bloch Ed Technip : Initiation à la programmation avec Scheme

Cette UE apparaît dans les diplômes et certificats suivants

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Type
Intitulé
Equipe pédagogique
Modalité(s) / Lieu(x)
Code
Type Diplôme/ certificat
Intitulé Licence professionnelle Bioinformatique
Equipe pédagogique Industries, chimie, pharma et agroalimentaires
Modalité(s) / Lieu(x)
Code LP10101A
Entrée Niveau III (bac+2)
Type Diplôme/ certificat
Intitulé Certificat de compétence Bio-informatique
Equipe pédagogique Industries, chimie, pharma et agroalimentaires
Modalité(s) / Lieu(x)
  • Enseignée en formation présentielle et/ou partiellement à distance : Paris
    • Code CC6500A
    Entrée Sans niveau spécifique
    Type Diplôme/ certificat
    Intitulé Diplôme d'ingénieur Spécialité Bio-informatique
    Equipe pédagogique Industries, chimie, pharma et agroalimentaires
    Modalité(s) / Lieu(x)
  • Enseignée en formation présentielle et/ou partiellement à distance : Paris
    • Code CYC8200A
    Entrée Niveau III (bac+2)
    Type Intitulé Equipe pédagogique Modalité(s) / Lieu(x) Code

    Contact

    Bioinformatique
    17.0.16, 292 rue St Martin
    75003 Paris
    Isabelle Corbeau
    Voir les sites

    Voir les dates et horaires, les lieux d'enseignement et les modes d'inscription sur les sites internet des centres régionaux qui proposent cette formation

    UE

      • Paris
        • Paris
          • 2018-2019 2nd semestre : Présentiel
          • 2019-2020 2nd semestre : Présentiel
          • 2020-2021 2nd semestre : Présentiel