Algorithmique de la bio-informatique

Code UE : BNF103

  • Cours
  • 6 crédits

Responsable national

Jean-Francois ZAGURY

Responsable opérationnel

Jean-Louis SPADONI

Public et conditions d'accès

Prérequis : Les auditeurs devront de préférence avoir assisté au cours BNF102 ou sinon justifier d'un niveau suffisant en programmation
Biologistes ou Informaticiens.
Titulaires d'un BTS de Biochimie, Biotechnologie, Biologie ou d'un DUT de Biologie appliquée (ou diplômes équivalents bac+2)
Titulaire d'un BTS ou d'une licence d'informatique ou diplôme de niveau équivalent.

Objectifs pédagogiques

Initier aux algorithmes utilisés pour les principaux programmes de bio-informatique.

Compétences visées

Cette formation doit permettre aux auditeurs non initiés de comprendre le fonctionnement des principaux programmes de la bio-informatique et pour pouvoir les utiliser au mieux.

Contenu

1) Bases algorithmiques
2) Alignements multiples et recherche de motifs
3) Recherche de similarités dans les banques : BLAST et FASTA
4) Assemblage de séquences et présentation de logiciels
5) Automates et expressions régulières
6) Recherche de gènes : méthodes heuristiques

Modalité d'évaluation

Examen final

Bibliographie

  • AD Baxevanis et al. Wiley Interscience New York (USA) : Bioinformatics
  • L. Bloch Ed Technip : Initiation à la programmation avec Scheme

Cette UE apparaît dans les diplômes et certificats suivants

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  • Enseignée en formation présentielle ou partiellement à distance : Paris
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    Contact

    Bioinformatique
    17.0.16, 292 rue St Martin
    75003 Paris
    Isabelle Corbeau

    Voir les dates et horaires, les lieux d'enseignement et les modes d'inscription sur les sites internet des centres régionaux qui proposent cette formation

    UE

      • Paris
        • Paris
          • 2017-2018 2nd semestre : Présentiel
          • 2018-2019 2nd semestre : Présentiel
          • 2019-2020 2nd semestre : Présentiel