Nouvelles technologies et leur exploitation

Code UE : BNF202

  • Cours
  • 6 crédits

Responsable(s)

Jean-Francois ZAGURY

Public et conditions d'accès

BNF104. Cours s'adressant à des auditeurs ayant déjà acquis un niveau L3 en biologie/bio-informatique 

Objectifs pédagogiques

Apprendre à maîtriser les outils et les concepts pour analyser les données génomiques à haut-débit à l'aide de la ligne de commande, R et Python.

Compétences visées

Traitement des masses de données génomiques générées par les nouvelles technologies à l'aide de GNU R, Python, R Markdown, JupyterHub, git.

Contenu

Outils programmatiques (shell, Python) et applications (git, R Markdown, JupyterHub) permettant le déploiement et la documentation de pipelines bio-informatiques modernes.
Recherche d'associations génétiques et méthodes statistiques pour la biologie moderne à haut débit (régression linéaire, valeurs P, classification, winner's curse).
Méthodes de puces de génotypage et séquençage massif de l'ADN (NGS) pour la médecine ou la généalogie génétique (par exemple, scores de risque polygéniques et du séquençage pour le diagnostique par biopsie liquide) avec les outils dédiés, R (suite Bioconductor), les outils Python (par exemple, pysam).

Modalité d'évaluation

 Examen final sur ordinateurs

Cette UE apparaît dans les diplômes et certificats suivants

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Contact

Bioinformatique
17.0.16, 292 rue St Martin
75003 Paris
Isabelle Corbeau

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