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Génomique : fondements et applications

Code UE : US410S

  • Cours
  • 6 crédits

Responsable(s)

Antonia SUAU PERNET

Public, conditions d’accès et prérequis

UE accessible seulement aux élèves de la licence professionnelle de génomique

Objectifs pédagogiques

Connaissance approfondie des concepts et des outils de génomique

Compétences visées

compréhension et applications de la génomique

Mots-clés

Contenu

Génomique, structures des génomes, des gènes, bases d'épigénétique, enzymes de chirurgie des génomes, oncologie, thérapie génique, qPCR, animaux transgéniques (knock-in, knock-out), ChIP, ChIP-Seq
Génomique structurale
  • Structure des gènes procaryotes et eucaryotes, Familles de gènes, Pseudogènes
  • Organisation des génomes procaryotes et eucaryotes
  • Marqueurs géniques : STS, microsatellites, SNPs, ...Cartographie génétique et physique
  • Séquençage à haut débit : pyroséquençage, Roche 454, Illumina, ion Torrent, Nanopore ...
  • Localisation de gènes et de séquences régulatrices
         - DNase HS (Hypersensibilité à la DNase) ...
         - ChIP (Chromatin Immuno Precipitation), ChIP on chip, ChIP-Seq
  • Génotypage de SNPs, détection de mutations, analyse des méthylations de l'ADN
           criblage par dHPLC, HRM, SNP arrays, etc  ...
  • Cytogénétique moléculaire   Fish, Prins,  CGH array
Génomique fonctionnelle
  • Expression transcriptionnelle / Analyse individuelle
              Dot blot, Northern blot, RPA = RNase Protection Assay, RT-PCR, q-RT-PCR
  • Expression transcriptionnelle / Analyse globale
          Microarrays, SAGE, Digital Gene Expression, RNA-Seq
  • Expression traductionnelle / Analyse individuelle Western blot, Immunoprécipitation
  • Expression traductionnelle / Analyse globale (analyse du protéome)
    Electrophorèse bidimensionnelle, Spectrométrie de masse, Puces à protéines
  • Inactivation ciblée d'un gène
    Recombinaison homologue, Knock out, Knock in, RNA interference par siRNA et shRNA
    Élimination conditionnelle de gènes et remplacement de gènes : Cre/loxP ...
    Promoteurs inductibles artificiels : Tet On, Tet Off
  • Modification ciblées du génome
    méganucléases, zinc finger nucleases, Cre Lox modifié, TALENs nucléases, CRISPR-Cas9
  • Études d'interactions : Criblage par Double hybride, Simple hybride, Analyse par Affinity pull down, Biacore ...
Maladies génétiques Clonage positionnel, génétique inverse
L'ADN médicament 
Thérapie génique - Vaccins à ADN
Focus technologique
  • Puces à ADN : principes, méthodologies, technologies, applications
  • Séquençages NGS
  • Aptamères, synthèse par méthode Selex
  • Diffusion des technologies de la génomique en diagnostic
Technologies récentes et émergentes
  • Assemblages de " biobriques ", biologie synthétique.
  • PCR microfluidique à haut débit haut débit, PCR sur cellule unique
  • Nanostring, Western Blot microfluidique
Concepts émergents
  • RNomique,
  • Métagénomique
Épigénétique : Notions de base
Virologie : Notions de base
Oncologie :Notions de base
 
Une partie de l'enseignement se fait en anglais.

Modalité d'évaluation

  • Contrôle continu
  • Examen final

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Contact

EPN07 - Chimie, vivant, santé
2 rue Conté 31.4.58
75003 Paris
Tel :01 40 27 23 81
Myriam Pillier

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