Génomique : fondements et applications

Contenu

Génomique, structures des génomes, des gènes, bases d'épigénétique, enzymes de chirurgie des génomes, oncologie, thérapie génique, qPCR, animaux transgéniques (knock-in, knock-out), ChIP, ChIP-Seq
Génomique structurale

• Structure des gènes procaryotes et eucaryotes, Familles de gènes, Pseudogènes
• Organisation des génomes procaryotes et eucaryotes
• Marqueurs géniques : STS, microsatellites, SNPs, ...Cartographie génétique et physique
• Séquençage à haut débit : pyroséquençage, Roche 454, Illumina, ion Torrent, Nanopore ...
• Localisation de gènes et de séquences régulatrices
       - DNase HS (Hypersensibilité à la DNase) ...
       - ChIP (Chromatin Immuno Precipitation), ChIP on chip, ChIP-Seq
• Génotypage de SNPs, détection de mutations, analyse des méthylations de l'ADN
         criblage par dHPLC, HRM, SNP arrays, etc  ...
• Cytogénétique moléculaire   Fish, Prins,  CGH array

Génomique fonctionnelle

• Expression transcriptionnelle / Analyse individuelle
        Dot blot, Northern blot, RPA = RNase Protection Assay, RT-PCR, q-RT-PCR
• Expression transcriptionnelle / Analyse globale
        Microarrays, SAGE, Digital Gene Expression, RNA-Seq
• Expression traductionnelle / Analyse individuelle Western blot, Immunoprécipitation
• Expression traductionnelle / Analyse globale (analyse du protéome)
  Electrophorèse bidimensionnelle, Spectrométrie de masse, Puces à protéines
• Inactivation ciblée d'un gène
  Recombinaison homologue, Knock out, Knock in, RNA interference par siRNA et shRNA
  Élimination conditionnelle de gènes et remplacement de gènes : Cre/loxP ...
  Promoteurs inductibles artificiels : Tet On, Tet Off
• Modification ciblées du génome
  méganucléases, zinc finger nucleases, Cre Lox modifié, TALENs nucléases, CRISPR-Cas9
• Études d'interactions : Criblage par Double hybride, Simple hybride, Analyse par Affinity pull down, Biacore ...

Maladies génétiques Clonage positionnel, génétique inverse 

Focus technologique

• Puces à ADN : principes, méthodologies, technologies, applications
• Séquençages NGS
• Aptamères, synthèse par méthode Selex
• Diffusion des technologies de la génomique en diagnostic

Technologies récentes 

• Assemblages de " biobriques ", biologie synthétique.
• PCR microfluidique à haut débit haut débit, PCR sur cellule unique
• Nanostring, Western Blot microfluidique

Concepts 

• RNomique,
• Métagénomique

Épigénétique : Notions de base
Virologie : Notions de base
Oncologie :Notions de base
 

Une partie de l'enseignement se fait en anglais.