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  • Génétique

Certificat de spécialisation Bio-informatique avancée

Mis à jour le

Responsable(s) : M. Josselin NOIREL, M. Jean-Francois ZAGURY

Niveau d'entrée :
Sans niveau spécifique
  • Certificat de spécialisation
Code Cnam : CS8800A

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  • A la carte
  • 27 crédits
Compétences avancées en drug design, en traitement des données à haut débit, en mathématiques et algorithmes avancés pour la bio-informatique et en fouille de données.

Présentation

Public, conditions d'accès et prérequis

Prérequis

Étudiants, biologistes, chercheurs, ingénieurs, informaticiens exerçant en entreprise ou dans le public
Niveau d’admission : bac + 3
Pré-requis : STA101 « Analyse des données : méthodes descriptives »
BNF104 « Utilisation et applications de la bio-informatique » ou équivalent

Objectifs

Former des biologistes, techniciens, ingénieurs à la bio-informatique en leur proposant une
introduction aux systèmes informatiques (BNF101), une introduction à la programmation pour
la bio-informatique (BNF102, BNF103), une introduction aux applications de la bio-informatique
(BNF104) et une initiation aux statistiques (STA109). Pour ces personnes-là soucieuses d’aller
plus loin, pour les personnes désireuses de pouvoir afficher une expertise polyvalente en
bio-informatique dans leur curriculum vitae, il est rapidement nécessaire de renforcer ces
acquis avec des compétences avancées en drug design, en traitement des données à haut débit,
en mathématiques et algorithmes avancés pour la bio-informatique et en fouille de données.
Des unités d’enseignement dédiées existent déjà au CNAM (BNF201, BNF202, BNF203 et
STA211). Nous souhaitons souligner leur complémentarité et la cohérence thématique compte
tenu des besoins actuels de nos auditeurs et des compétences qui sont actuellement
recherchées par les recruteurs

Mentions officielles

Intitulé officiel figurant sur le diplôme : Certificat de spécialisation Bio-informatique avancée

Code(s) NSF : Modèles d'analyse biologique ; informatique en biologie (118b)

Compétences et débouchés

Compétences

Le certification de spécialisation forme le ou la bio-informaticienne aux compétences qui lui permettront d'être autonome dans la mise en œuvre de processus avancés et innovants d'analyse de données bio-informatiques.

* Savoir automatiser le traitement des données : contrôle qualité, imputation, visualisation, etc.
* Savoir mettre en œuvre un traitement reproductible des données (Jupyter, R Markdown)
* Interpréter de façon critique les résultats statistiques dans un domaine centré sur les données massives
* Maîtriser les logiciels de modélisation moléculaire (prédiction de structure 3D, docking, drug design)
* Connaître les principales nouvelles technologies (les données -omiques, de la génomique à la transcriptomique, et la biologie intégrative et des systèmes), les spécificités des données produites par ces technologies et le type d'analyse qui en découle
* Maîtriser les notions, les langages de programmation et des programmes essentiels pour l'analyse de données génomiques (Python, R, shell, applications dédiées) et les applications en médecine de précision ou en génétique des populations
* Comprendre les fondements mathématiques et algorithmiques d'applications en génomique (techniques bayésiennes, chaînes de Markov par exemple pour le phasage des génotypes)
* Savoir mettre en œuvre des méthodes de fouille de données et d'apprentissage statistique (intelligence artificielle) : SVM, réseaux de neurones, deep learning, etc.

Informations pratiques

Contact

  • Département : Bioinformatique
  • Email : isabelle.corbeau@lecnam.net
  • Adresse : 17.0.16, 292 rue St Martin - 75003 Paris

Retrouvez cette formation en centre :

Lieux de formation

Logo école santé Cnam
Logo Ecole numérique et IA Cnam

Programme

Modalités d'évaluation

Les participants devront valider les différentes UE de cours (examen écrit : note 10/20 requise). RAPPEL du règlement : valider les enseignements et le projet avec une moyenne générale supérieure ou égale à 10/20, sans note inférieure à 8, dans un délai maximum de 4 ans

Description du programme

Cliquez sur l'intitulé d'un enseignement ou sur Centre(s) d'enseignement pour en savoir plus.

6 ECTS
Bio-informatique structurale, drug design
BNF201
Centre(s) d'enseignement
  • Paris
    • 1er semestre : Formation hybride soir ou samedi
 
6 ECTS
Nouvelles technologies et leur exploitation
BNF202
Enseignement non programmé à l'heure actuelle.
 
6 ECTS
Outils mathématiques et informatiques pour la génomique
BNF203
Centre(s) d'enseignement
  • Paris
    • 2nd semestre : Formation à distance planifiée soir ou samedi
 
9 ECTS
Entreposage et fouille de données
STA211
Centre(s) d'enseignement
  • Liban
    • 1er semestre : Formation en présentiel soir ou samedi
  • Paris
    • 2nd semestre : Formation ouverte et à distance
 

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